Als die Shelter Stiftung 2001 gegründet wurde, geschah dies wesentlich als Reaktion auf den damals insbesondere im Schatten des Balkankriegs florierenden Frauenhandel. Wie Andrea Böhm in ihrem ZEIT-Artikel Freier für den Frieden aufdeckte, sorgten ausgerechnet die „humanitären Helfer“ und internationalen Friedenstruppen mit anhaltender Nachfrage und entsprechender Finanzkraft dafür, dass Menschenhändler einträgliche Geschäfte mit der Ausbeutung zwangsweise prostituierter Frauen machen konnten.

Aus dieser Situation heraus konzentrierten sich die Aktivitäten der Shelter Stiftung zunächst auf Projekte in der Balkan-Region. In Zusammenarbeit mit der International Organisation for Migration (IOM), aber auch mit lokalen Initiativen wurden Zufluchts- und Schutzhäuser gefördert und erste Notfallhilfe ermöglicht.

Später verlagerte sich der Fokus auch in andere Regionen. Neben unmittelbaren Hilfsangeboten für Frauen, die sich aus der Zwangsprostitution befreien konnten, werden vor allem auch berufsbildende Maßnahmen der Organisation HERA unterstützt, um Frauen ein selbstbestimmtes Leben jenseits der Prostitution zu ermöglichen.

Seit 2001 hat die Shelter Stiftung u.a. Projekte folgender Organisationen unterstützt:
Ban Ying e.V.
Dortmunder Mitternachtsmission e.V.
Good Shepherd Welcome House
HERA – Her Equality Rights and Autonomy
IOM – International Organization for Migration
Karo e.V.
LARA Bijeljina
Medica Mondiale
SOLWODI – Solidarity with Women in Distress